Conducerea Serviciului Special pentru Influențe Active asupra Proceselor Hidrometeorologice este asigurată de Directorul Serviciului Special, care organizează și coordonează activitatea instituției și asigură funcționarea Sistemului Național de Protecție Antigrindină din Republica Moldova.
Directorul stabilește prioritățile de dezvoltare ale instituției, coordonează activitatea Aparatului Central și a subdiviziunilor teritoriale și asigură aplicarea unitară a cadrului normativ, a documentației tehnologice și a procedurilor operaționale în domeniul influențelor active asupra proceselor hidrometeorologice.
În exercitarea atribuțiilor sale, Directorul reprezintă Serviciul Special în relațiile cu autoritățile administrației publice centrale și locale, instituțiile naționale și internaționale, organizațiile de cercetare și partenerii de dezvoltare și coordonează cooperarea instituțională, modernizarea infrastructurii și dezvoltarea capacităților operaționale ale Serviciului.

Serghei EREMEICO
Organizează și conduce activitatea Serviciului Special și asigură realizarea sarcinilor și exercitarea funcțiilor instituției.

Vasile AGHENIE
Participă la organizarea și coordonarea activității Serviciului și exercită atribuțiile stabilite de Director.
Principalele atribuții ale Directorului
- asigură realizarea sarcinilor și exercitarea funcțiilor Serviciului Special;
- organizează și conduce întreaga activitate a Serviciului, în conformitate cu legislația în vigoare și cu Regulamentul instituției;
- stabilește atribuțiile și sarcinile de serviciu ale Directorului adjunct, șefilor de secții și conducătorilor de subdiviziuni;
- asigură executarea actelor normative și a ordinelor Ministerului Agriculturii și Industriei Alimentare;
- emite ordine în domeniile ce țin de competența Serviciului;
- reprezintă Serviciul în relațiile cu autoritățile publice, instituțiile, persoanele juridice și fizice din Republica Moldova și din străinătate;
- asigură administrarea patrimoniului și utilizarea mijloacelor financiare alocate instituției;
- exercită alte atribuții stabilite de legislația în vigoare.
Directorul adjunct
Directorul adjunct exercită atribuțiile stabilite de Director și participă la coordonarea activității subdiviziunilor structurale și teritoriale ale Serviciului Special.
În limitele competențelor stabilite, Directorul adjunct contribuie la organizarea activității operative, la coordonarea proceselor instituționale și la asigurarea continuității activității Serviciului.